DNR sekoskaita (sekvenavimas)

DNR sekoskaita (sekvenavimas) – tam tikrų viengrandžių DNR fragmentų nukleotidinių sekų nustatymas. Sekoskaitos metodai gali būti cheminiai ir automatiniai. Cheminiai metodai grindžiami cheminiu DNR fragmento suskaidymu. Kiekvieno nukleotido skaidymo reakcija yra specifiška. Prie suskaidytų fragmentų galų prijungiama radioaktyvioji žymė, po to fragmentai frakcijonuojami elektroforezės būdu ir atliekama žymėtųjų fragmentų autoradiograma. Be šio metodo, dar taikomas F. Sangerio metodas, kai, seką nustatant, DNR fragmentas skaidomas į mažesnius fragmentus ir prie klonuotų viengrandžių segmentų 3ꞌ-galo prijungiamas pradmuo, žymėtas radioakyviuoju izotopu arba fluorochromu. Po to į reakcijos mišinį dedama DNR polimerazės I, visų keturių tipų deoksiribonukleozidtrifosfatų ir šiek tiek po vieną bet kurį iš keturių dideoksinukleozidtrifosfatų. Iš viso paruošiami keturių reakcijų mišiniai; kiekvienas jų turi po skirtingą ddNTP. DNR polimerazė I prijungia nukleozidtrifosfatus ir pasitaikančius atitinkamus ddNTP. Ten, kur prijungiamas ddNTP, tolesnė antrosios DNR grandinės sintezė nutrūksta. Susidaro įvairaus ilgio fragmentų mišinys, kuris tiriamas elektroforezės būdu. Naudojant automatinius DNR sekoskaičius, bazės žymimos fluorochromais. Kiekviena bazė turi savas spalvas. Automatiniai analizatoriai užrašo spalvų sugerties maksimumą, o atitinkama kompiuterine įranga analizuojama ir užrašoma nukleotidų seka.

Šaltinis | Dažniausiai vartojamų biomedicinos terminų ir sąvokų aiškinamasis žinynas | Lietuvos sveikatos mokslų universitetas | Akademikas Profesorius Antanas Praškevičius, Profesorė Laima Ivanovienė